Az enzimatikus tisztítószerek baktériumokat vagy koncentrált enzimeket tartalmaznak, amelyek lebontják a szennyvízcsöveken felhalmozódó szerves maradványokat, hogy megakadályozzák a lassan folyó csatornákat. A legtöbb enzimatikus lefolyótisztítót általános karbantartásra szánják a megfelelő áramlás fenntartása érdekében, és nem a teljesen eltömődött lefolyócsövek tisztítására szolgálnak. Az enzimatikus lefolyótisztítók előnyei közé tartozik a vízvezeték-szerelvények széles választékában történő használat viszonylagos biztonsága, alacsony környezeti hatás, alacsony költség és könnyű használat. A legtöbb enzimatikus lefolyótisztító hátránya hosszabb tisztítási időket tartalmaz, mint a többi lefolyótisztító tisztítószer. Mivel az enzimatisztító szerek a csövön átáramló folyadékra támaszkodnak, ezek általában nem teljesen eltömődött csatornák megnyitására szolgálnak. Az enzimatikus lefolyótisztítók biztonsági szempontjai között szerepel a szembe jutás és a tartós bőrrel való érintkezés elkerülésének követelménye.